Ein direkter Nachweis von Lawsonia intracellularis aus dem Kot ist möglich. Es gilt jedoch, ein paar Besonderheiten der Lawsonien zu beachten. Da Lawsonien anders als die meisten anderen Bakterien nicht auf Nährböden wachsen, können sie im Kot nur mit Hilfe des PCR-Verfahrens nachgewiesen werden.
Dabei wird ein Teil des Lawsonien-Erbguts (DNA) nachgewiesen.
Ein Resistenztest, um herauszufinden, welches Antibiotikum wirkt, ist nicht möglich.
Außerdem muss man bei der Beurteilung der PCR-Ergebnisse beachten, dass Lawsonia intracellularis auch von erkrankten Tieren nicht permanent mit dem Kot ausgeschieden wird (sog. intermittierende Ausscheidung). Die Untersuchung von Kotproben auf Lawsonia intracellularis führt dann zu negativen PCR-Ergebnissen, obwohl die Tiere dennoch infiziert sind.
Dagegen ist ein positives Kot-PCR-Ergebnis ohne Relevanz, wenn die Tiere zuvor mit einem Ileitis-Impfstoff geimpft wurden. Es kommt auch bei geimpften Schweinen weiterhin zur Aufnahme von Lawsonien aus der Umgebung (das ist ja schließlich der Grund für die Impfung), die dann auch wieder mit dem Kot ausgeschieden werden.
Mittels einer sogenannten qPCR, einer quantitativen PCR, kann man Rückschlüsse auf den Lawsoniengehalt in einer Kotprobe ziehen. Für ungeimpfte Schweine wurde in einer Studie eine Verbindung zwischen dem Lawsoniengehalt und der Darmschädigung nachgewiesen. Weitere Studien haben gezeigt, dass dieser Zusammenhang jedoch nicht bei mit einem oralen Lebendimpfstoff geimpften Schweinen gilt.
Aus diesen Gründen verliert eine PCR-Untersuchung ihre Bedeutung bei Schweinen, die mit einem oralen Lebendimpfstoff geimpft wurden.